Das Wuppertal Institut arbeitet mit einer Vielzahl von Universitäten und Instituten im In- und Ausland zusammen.
Formelle Kooperationen bestehen mit der Universität Teheran (CEERS) im Iran, mit der Universität Osnabrück und der Universität Wuppertal. Als Ort der wissenschaftlich-praktischen Ausbildung ergänzt das Wuppertal Institut die universitäre Qualifizierung und arbeitet dazu mit Hochschulen und Universitäten zusammen. Mit der FernUniversität Hagen (Prof. Gerd Simonis; Prof. Lenelis Kruse) und dem Fraunhofer-Institut für Umwelt-, Sicherheits- und Energietechnik (UMSICHT) in Oberhausen (Prof. Dr.-Ing. Eckhard Weidner) wurde im Mai 2005 ein Rahmenvertrag über die Zusammenarbeit im Fernstudiengang "Interdisziplinäres Fernstudium Umweltwissenschaften" (Infernum) abgeschlossen. Eine Kooperationsvereinbarung wurde auch mit der Universität Kassel unterzeichnet. Außerdem wurden gemeinsame Forschungsvorhaben mit dem Institut für Gründungs- und Innovationsforschung (IGIF) der Bergischen Universität Wuppertal vereinbart.
Mit dem japanischen Institute for Global Environmental Strategies (IGES) und dem indischen The Energy and Resources Institute (TERI) finden regelmäßige Projektkooperationen statt. Darüber hinaus arbeitet das Wuppertal Institut projektbezogen mit zahlreichen deutschen und ausländischen Universitäten zusammen.
Unterzeichnung der Kooperation mit der FernUniversität Hagen und dem Fraunhofer-Institut für Umwelt-, Sicherheits- und Energietechnik (UMSICHT).
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