Das Wuppertal Institut arbeitet mit einer Vielzahl von Universitäten und Instituten im In- und Ausland zusammen.
Formelle Kooperationen bestehen mit der Universität Teheran (CEERS) im Iran, mit dem Fachbereich Umwelt- und Ingenieurwissenschaften der Tsinghua Universität Peking, mit der Universität Osnabrück und der Bergischen Universität Wuppertal. Mit dem Ziel, Synergien am Standort Wuppertal auszuschöpfen, ist die Zusammenarbeit mit der Bergischen Universität besonders intensiv. Wissenschaftler(innen) vom Wuppertal Institut haben dort zahlreiche Lehraufträge, gemeinsam werden Promotionen betreut und Projekte durchgeführt, so beispielsweise die Forschungsvorhaben mit dem Institut für Gründungs- und Innovationsforschung (IGIF). Als Ort der wissenschaftlich-praktischen Ausbildung ergänzt das Wuppertal Institut die universitäre Qualifizierung auch an anderen Hochschulen und Universitäten. Mit der FernUniversität Hagen und dem Fraunhofer-Institut für Umwelt-, Sicherheits- und Energietechnik (UMSICHT) in Oberhausen besteht ein Rahmenvertrag über die Zusammenarbeit im Fernstudiengang "Interdisziplinäres Fernstudium Umweltwissenschaften" (Infernum). Eine Kooperationsvereinbarung gibt es auch mit der Universität Kassel.
Mit dem japanischen Institute for Global Environmental Strategies (IGES) und dem indischen The Energy and Resources Institute (TERI) finden regelmäßige Projektkooperationen statt. Darüber hinaus arbeitet das Wuppertal Institut projektbezogen mit zahlreichen deutschen und ausländischen Universitäten zusammen.
Unterzeichnung der Kooperationsvereinbarung an der Tsinghua Universität Peking